Je možné změnit zálohovou fakturu na fakturu s DPH?

Ano. Fakturu s DPH je možné vytvořit automaticky na základě zálohové faktury.
Vyberte položku, o kterou máte zájem s proforma fakturou (okno Seznam dokladů
Faktury -> Faktury -> Seznam dokladů) a klikněte na nabídku dalších možností (nebo pravým tlačítkem myši)
výběrem proforma faktury -> Faktura VAT.